Una chiesa di San Michele a Magnago in horho è nominata già nel Liber notitiae sanctorum mediolani di Goffredo da Bussero, nel 1289.
In quel testo si fa, infatti, cenno ad una Parrocchia di San Michele in Magnago, pieve di Dairago.
Doveva probabilmente trattarsi di una chiesa nata dal volere di qualche nobile o ricco proprietario terriero, dato che alla fine del XII secolo quasi tutte le chiese che facevano parte della pieve di Dairago erano soprattutto chiese private, in cui la domenica si celebrava la Messa ed era distribuita l’Eucaristia.
Solo più tardi le chiese, che potevano permettersi di mantenerlo, ottennero di avere un proprio prete che risiedesse stabilmente vicino alla chiesa, il cosiddetto rector, in altre parole colui che reggeva (o amministrava) la chiesa.
Nel 1398 la chiesa di San Michele di Magnago era annoverata tra le parrocchie della pieve di Dairago, segno questo che le condizioni economiche dei proprietari terrieri locali erano già piuttosto floride.
Un documento del 1455 recita:
In nomine Jhesu 1455, die decimoctavo Augusti
D. Presbiter Jo. Francischus de la Cruce beneficialis in Ecclesia S. Michaelis de Magnagho pro beneficio suo possidet certas quantitates terre nec non decimam de Byanate et est valoris in summa ducatorum quorum.
Il documento è di un certo peso sia perché ci conferma che esisteva già una chiesa di San Michele, sia perché se n’evince che il rettore era già un della Croce, sia perché conferma che il rettore aveva proprie sostanze.
Non sappiamo quale fosse l’aspetto architettonico della parrocchia in quegli anni ma sappiamo che doveva essere abbastanza importante dato che, sotto la rettorìa di San Michele di Magnago, erano posti Bienate, Vanzaghello, Sant’Antonino e Tornavento.
Cercando notizie sulla vecchia parrocchia di Magnago è sembrato subito evidente che la storia della chiesa si intrecciava o addirittura si sovrapponeva alla storia della famiglia Croce e della Croce. Finché i parroci furono eletti dal popolo, infatti, c’era comunemente tra loro un della Croce od un Croce.
Nel XVI secolo iniziarono le prime divisioni tra le chiese del circondario.
Il 3 dicembre 1518, la parrocchia di Vanzaghello fu separata dalla chiesa madre di Magnago.
Nel 1529 dalla chiesa di San Michele si staccò anche la chiesa di San Bartolomeo di Bienate.
Dopo Bienate e Vanzaghello, anche Sant’Antonino e Tornavento divennero parrocchie autonome. A Magnago restò tuttavia il privilegio di poter celebrare, nella parrocchia di San Michele, la solennità del Corpus Domini, privilegio proprio di chiesa pievana.
I parroci delle nuove parrocchie, costituitesi dopo la separazione, conservarono tra l’altro l’obbligo d’intervenire alla Processione solenne in San Michele.
Quando pensiamo alla vecchia chiesa parrocchiale di San Michele non dobbiamo assolutamente immaginarla come la vediamo oggi perché la chiesa odierna non sembra aver conservato nulla, dal punto di vista architettonico, dell’antica parrocchia se non forse, almeno a grandi linee, la posizione topografica.
Nel 1770 fu inaugurata la nuova chiesa, costruita purtroppo in modo diverso dal progetto perché i parrocchiani non avevano raccolto i soldi sufficienti a dar vita al poderoso progetto iniziale.
La chiesa sembrò subito troppo piccola, non tanto per contenere i fedeli, le anime da amministrare nel 1789 erano solo 600, quanto per soddisfare il sogno di grandezza dei parrocchiani.
Nel 1837 giunse a Magnago un architetto a cui fu affidato l’incarico di redigere un nuovo progetto per una parrocchia più sontuosa.
Ancora una volta, però, i desideri del parroco e quelli dei parrocchiani dovettero ridimensionarsi di fronte alle difficoltà economiche.
Più tardi, poco prima della Prima Guerra Mondiale, il parroco di Vergiate illustrò ai fedeli magnaghesi un nuovo progetto per la parrocchia che prevedeva la costruzione della chiesa con la facciata rivolta verso Piazza d’Armi.
Per realizzare il progetto sarebbe stato indispensabile acquistare nuovi terreni. Anche in questo caso, per ragioni di ordine economico, si dovette soprassedere.
Intanto il 12 ottobre 1902, come ricorda Luigi Annoni, parroco di Bienate, nei suoi annali, fu benedetta e portata in processione la nuova statua della Madonna del Rosario, costata circa 600 lire.
Il 27 febbraio 1904 si pose finalmente la prima pietra per la casa coadiutorale vicina alla parrocchia e all’oratorio festivo.
Finita la Prima Guerra Mondiale e superate le prime difficoltà economiche, don Checchi, nel giorno del suo 25° anno di sacerdozio, ricevette una sottoscrizione per dare inizio alla costruzione della nuova chiesa parrocchiale di San Michele.
La prima pietra fu posta, la prima domenica di ottobre del 1924, dal prevosto di Dairago, Boschetti.
Per qualche tempo convissero due parti di chiesa perché, mentre si costruiva la nuova chiesa, si provvedeva a demolire la vecchia. Un assito divideva le due parti e questo consentiva ai fedeli di continuare a frequentare la parrocchia e di controllare da vicino l’andamento dei lavori.
Nel 1925 fu opportuno, per ragioni di sicurezza, trasferire la chiesa parrocchiale in Santa Maria.
Ufficialmente la nuova parrocchia di San Michele fu inaugurata nel giugno 1929, come omaggio ai 30 anni di sacerdozio di don Checchi.
Architettonicamente la chiesa si presentava ampia, a tre navate, con un nuovo altare per Santa Teresina di Gesù (la cosiddetta santa delle rose) e decorata da vetrate che rappresentavano i profeti.
Accanto alla chiesa sorgeva un campanile con otto campane accordate al do maggiore.
Sul marmo interno della chiesa fu scritto:
FLOS MEMORIAE LAPIDE PERENNIOR
Il fiore della memoria è più duraturo della pietra
Ecco l’elenco di tutti i parroci della Parrocchia di San Michele Arcangelo
Giovanni Rodolfo della Croce (1496-1506)
… (1507-1563)
Benedetto Croce (1563-1618)
Giovanni Battista Ferrario (1618-1659)
Ambrogio Ferrario (1659-1675)
Gio. Angelo Curione (1675-1709)
Giuseppe Camillo Besana (1709-1714)
Giovanni Stefano Lombardi (1715-1732)
Giovanni Battista Maria Bialino (1732-1769)
Luigi Beretta (1770-1816)
Pietro Francesco Robecchi (1817-1847)
Domenico Stabilini (1847-1862)
Domenico Belloni (1862-1882)
Giovanni Portaluppi (1882-1900)
Pietro Agostoni (1900-1912)
Francesco Checchi (1913-1957)
Mario Corti (1957-1982)
Vittorio Croci (da marzo ad agosto 1982)
Eugenio Rossotti (dal 1982)